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Diferença nas taxas digestivas
A maioria das pessoas refere-se à proteína whey e à caseína, como proteínas de digestão “rápida” e “lenta”, respetivamente.
Quando falamos sobre a digestão lenta da caseína, dizemos essencialmente que ela aumenta os níveis de aminoácidos no sangue lentamente e por um período de tempo mais longo, ao contrário da proteína de soro de leite.
Ingerir uma proteína de soro de leite após o exercício é melhor, pois fornece uma elevação intensa de aminoácidos no sangue e na síntese de proteínas musculares.
A caseína, por outro lado, geralmente é usada para períodos longos de tempo em que as pessoas não podem comer e necessitam de uma proteína que liberte aminoácidos lentamente na corrente sanguínea.

Conteúdo de aminoácidos
Embora ambas as proteínas sejam consideradas completas, a proteína de soro de leite contém uma maior proporção de leucina, um regulador chave da síntese de proteínas musculares.
A caseína também contém uma quantidade nominal deste aminoácido para a síntese de proteínas musculares, mas para ingerir o conteúdo de leucina que uma proteína de soro de leite puro contém, necessita de uma quantidade maior de caseína por grama.
O valor biológico (VB) das proteínas de soro de leite podem ser duas vezes mais do que o valor da caseína.
No gráfico a baixo, mostra o VB de várias fontes de proteína.

No geral, o VB não significa necessariamente que todas as fontes de proteína que possuem valores mais baixos, não sejam úteis. Desde que obtenhas uma variedade de fontes de proteína animal e derivada de animais, o VB não é muito preocupante. A exceção seria para veganos, que dependem fortemente de proteínas vegetais.

Teor de cálcio
O cálcio é reconhecido pelos seus efeitos benéficos na saúde óssea, podendo também ajudar no processo de perda de gordura. É um componente das micelas de caseína, mais abundante nos suplementos de proteína de caseína, do que nos de proteína de soro de leite.
A caseína micelar contém aproximadamente três vezes a quantidade de cálcio de uma proteína de soro de leite.  As proteínas de soro de leite também contêm cálcio, mas é considerado um componente mínimo.
Para indivíduos que necessitam cumprir a sua quantidade diária de cálcio através de fontes alimentares e não conseguem, a suplementação de caseína pode ser uma alternativa à suplementação de cálcio.

Textura e aplicação em receitas alimentares
A textura do pó da caseína tende a ser um pouco mais grossa e macia do que a de proteína de soro de leite.
A textura do pó da proteína de soro de leite varia de acordo com o teor de proteína e o método de filtragem usado. No geral, os isolados de soro puro são pós mais finos, ao contrário de alguns concentrados.
Algumas pessoas têm receio em usar os suplementos de proteína em receitas e alimentos, optando por usar o método básico do shaker com água, mas cada vez mais a proteína é usada em receitas.
É aconselhável usar a proteína de soro de leite quando planeia cozinhar algo, pois a caseína não solidifica completamente quando aquecida e pode deixar os produtos cozidos moles.
Para fazer receitas frias, como pudins e iogurtes, a caseína é mais indicada, uma vez que é uma mistura mais espessa que a proteína de soro de leite, absorvendo maior conteúdo de água.

Devo usar soro de leite, caseína ou ambos?
Numa última análise, o mais pertinente é verificar qual dessas proteínas é mais apropriada para entusiastas da saúde e competidores físicos.
Como detalhadas algumas vantagens de cada uma das proteínas ao longo do artigo, não podemos afirmar que uma é superior à outra, dado que irá variar da instância e do individuo em questão.
Uma proteína misturada que contenha caseína ou proteínas de soro de leite, será eficaz como suplemento a qualquer hora ou situação para a maioria. Ambas as proteínas tendem a complementar-se para obter o melhor dos dois.
Se não podes escolher um ou outro, o melhor é escolher um suplemento de proteína que contenha uma variedade de fontes de proteína que cubra todas as bases.
Não necessitas comprar suplementos de proteína de soro de leite ou caseína separados, mas se isso encaixar no orçamento, é seguro dizer que há muito uso para ambas no seu stock de suplementos.

Referência Bibliográficas
1) Drummond MJ, Dreyer HC, Pennings B, Fry CS, Dhanani S, Dillon EL, Sheffield-Moore M, Volpi E, Rasmussen BB. Skeletal muscle protein anabolic response to resistance exercise and essential amino acids is delayed with aging. J Appl Physiol. 2008 May;104(5):1452-61.
2) Reidy, P. T., Walker, D. K., Dickinson, J. M., Gundermann, D. M., Drummond, M. J., Timmerman, K. L.,  & Rasmussen, B. B. (2013). Protein blend ingestion following resistance exercise promotes human muscle protein synthesis. The Journal of nutrition, 143(4), 410-416.